在南海問題上,中國台灣也是重要一方。抗戰勝利后,國民黨當局派海軍收復南海,陸續在中業島、雙子礁等多個島礁派駐軍隊。其后,隨著台軍南海戰略演變,台軍僅在東沙群島最大的東沙島以及南沙群島最大的太平島駐扎海軍陸戰隊99師。
1999年,時任台灣“國防部長”唐飛宣布從南海撤軍,改由海巡部隊接防。2000年“海巡署”成立后,專門成立“南巡局”,下轄“東沙指揮部”和“南沙指揮部”。目前,東沙島有官兵150人,太平島有官兵105人,裝備少量120毫米迫擊炮、40毫米及20毫米高射機槍及其他輕武器。
鑒於南海駐防的特殊性,台“海巡署”駐南海官兵一般從陸戰隊兵源中選派,相關人員除與一般新兵一樣要到屏東龍泉新訓中心接受8周訓練外,還要到高雄左營的陸戰學校及陸戰77旅受訓5周,因此也被稱為“准軍事力量中的軍事力量”。
據《聯合報》報道,台“國防部”2012年5月向“立法院”提交的報告顯示,為能有效馳援東沙、南沙,台軍已完成包括空中快速反應及海上馳援在內的“衛疆作戰計劃”——除派陸戰隊水路救援外,小部分特戰隊員搭乘C-130運輸機空降作戰。台軍高層透露,空中快反部隊可在1小時左右抵達東沙,4小時內抵達南沙。
近年來,台灣不斷強化兵力整備。2009年起,台當局又在東沙島修建新碼頭,2014年2月投巨資在太平島建碼頭。目前太平島由“成功”級護衛艦每月偵巡一次、坦克登陸艦每季實施重型物資運補一次。東沙方面,台海軍偵巡艦除不定期前去巡航外,在作戰艦護航下,戰車登陸艦每年2、6、12月實施重型物資運補一次,C-130飛機每月實施一次定期班機。
不過,台灣在南海的守衛力量仍明顯不足,為此島內不斷傳出要求增加駐防兵力甚至恢復台軍駐守的聲音。台《聯合晚報》曾透露,台軍方已開出清單以無償撥用方式,為“海巡署”戍守官兵提供“海鷗級”導彈快艇、陸軍M-41戰車等武器裝備,重新賦予太平島有效射程2.5公裡以上的直射火力。台軍方還透露,可攜帶超音速和次音速反艦導彈的迅海艦未來將投入巡弋東沙和南沙的任務。